Portugalský vodný pes sa na území Portugalska vyskytoval už pred n.l. Bol takmer posvätný a kto usmrtil vodného psa, dostal prísny trest. Prvá zmienka sa datuje do roku 1297,  a bola nájdená v práve mnícha, ktorého vytiahol z mora a zachránil pred smrťou utopením čierny pes s labutienkou na chvoste. Mnoho historických prameňov popisuje portugalského vodného psa ako „levieho“ psa.

Bol to užitočným pomocníkom rybárov a ich rodín. Výborný plavec a potápač asistoval pri rybolove, vyťahoval uviaznuté a spadnuté ryby a nosil ich do loďky, vyťahoval siete, odovzdával správy, bránil rybárov a ich rodinu pred nepriateľmi, zachraňoval topiacich. Dokázal sa ponoriť bez problémov pod vodu a zadné končatiny mal mimoriadne osvalené.  Technický pokrok zapríčinil zníženie jeho stavu, keďže moderné spôsoby rybolovu tohto šikovného pomocníka už nepotrebovali. Odliv priazne  prežil vďaka lodiarskemu magnátovi Vascovi Bensaudovi, ktorý v 30. rokoch 20. storočia vo svojej stanici Algarbiorum zhromaždil niekoľko typických jedincov a definoval štandard plemena, čím položil základy jeho moderného chovu. Prvý vrh portugalských vodných psov sa narodil práve v chovateľskej stanici Algarbiorum v roku 1937.  O 30 rokov sa plemeno dostalo do USA, vďaka Deyanne and Herbertovi Millerovým. V roku 1972  16 majiteľov a nadšencov vytvorilo klub, ktorý dodnes existuje pod názvom Klub portugalského vodného psa v Amerike, a dnes ma vyše 1000 členov.  Vďaka priateľskej povahe a nevšednému vzhľadu si nachádza stále viac priaznivcov aj v Európe, takže dnes má už pomerne širokú chovateľskú základňu.